7年又值京察之年,这是一个极好的机会可以宣扬他作为大政治家的诚意。京察每六年举行一次,全部京官都将被考核。各地巡抚由于带有都察院御史的头衔,所以也同于京官在考核之列。与他前任15年的原则相反,申时行力主人事上的稳定。随即消息传来,政府让大小官员各安其位。于是众心欣慰。京察的结果,凡由进士出身的职官只有33人降级或罢免,而且这33人,没有一个出于吏部、都察院或翰林院这些传统上最富敏感的机关。这种恕道稳定了文官集团的情绪,也稳定了首辅自己的地位,他被众口交誉为老成持重,有古君子之风。
他和万历之间的关系也越来越好,概言之,即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时,他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程,并已到施工之处巡视多次,一次在严寒,一次在酷暑。15切进行都很顺利。万历龙颜大悦,特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹,让他制成新衣,以供阅陵时服用。
在皇帝的心目中既已取得了很高的信用,申先生又能以他高超的劝说能力,委婉地请求今上放弃他禁中内操,即在皇城中训练以宦官编成的军队,并同意不再随便出城巡阅,管束职掌特务的宦官张鲸。这些事情,如果不是申时行采用恰当的方式调停,很可能造成皇帝与百官间的冲突。因为在这些地方文官们有他们坚定强硬的看法,要是他们一定要以道德的名义在御前诤谏,言语冲突之余,万历一动反感,很可能导致一意孤行。申阁老防患于未然,确已尽到从中调济的职责。
反对申时行的则仍称他为妥协,一味只顾目前适用,放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示,要是不恢复百官间的彼此信赖,怎么可以使他们大有作为,为皇上推行开明的政治
管理我们这样一个大帝国,在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居,而实际上他是强迫要求各人保证不生罅隙。申时行用恕道待人,又鼓励诚信,就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。申时行的立论并非没有理由,但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看,其成功的希望至为微小。
推广诚意的方式是经常不断地举行礼仪,讲解“四书”和其他经史,然而最近以来,申时行已经不能劝说万历皇帝出席他应该主持的礼仪,经筵也久被搁置。申先生内心明白,经过张居正事件之后,皇帝对各种告讦、争论和答辩已经不感兴趣,他对一切都取怀疑的态度。因为他从小束发受教,就听说“王者无戏言”,天子应对一切事物认真,更要在一句一语之间,相信亲信人的话。而现在看来,每个人都是说管说,做管做,两不相干,这又何怪乎他怀疑一切他之所谓“讪君卖直”,就表示他已经知道凡事都有其明暗阴阳。他对廷臣要求他为尧舜之君的说法不加反对,因为这是“四书”中的准则,又是祖先的训示,不容置辩。可是以他的聪明敏感,谁又能够保证他在内心深处,没有把这种要求当成臣下为他设置的羁绊
皇帝放弃诚意,使申时行至为不安。然而他没有更好的办法,只好自己坚持信心,静待时机的好转。可是无情的时光,究竟还有多少让申时行来安排和等待呢7年,即万历十五年的秋天,他作为首辅已四年有半,今后还有四年,他仍为文渊阁的首长。在他不知不觉的用尽了命运为他安排作首辅的全段时间,那么太傅兼太子太师左柱国渊阁再多留一天,也是不能为时势所容许的了。