对于张居正及其遗属的处理,在3年夏季以前,万历已经褫夺了张居正三个儿子的官职,撤销了张居正本人生前所得到的太师头衔。尽管情况仍在进展,但是他仍想适可而止,以全始终。又过了一年,即4年阳历5月,辽王的王妃控诉张居正生前出于个人恩怨,又为了攘夺府邸而蒙蔽圣聪,废黜辽王,理应籍没。这时万历觉得张居正竟敢侵犯皇室以自肥,实属罪无可逭,因此下决心同意了这一请求。
张居正死后两年再被抄没家财,在技术上还造成了一些更加复杂的情况。按本朝的习惯,所抄没的家财,应该是张居正死后的全部家财,这两年之内被家属花费、转移的物资钱财必须全部追补,即所谓“追赃”。而应该追补的数字又无法有确切的根据,所以只能根据“情理”的估计。张居正生前毫无俭约的名声,负责“追赃”的官员即使意存袒护,也决不敢把这个数字估计过低。张居正的弟弟和儿子在原籍江陵被拘留,凑缴的各种财物约值白银10万两以上。这个数字远不能符合估计,于是执行“追赃”的官员对张居正的长子张敬修严刑拷打。张敬修供称,确实还有白银30万两寄存在各处,但招供的当晚他即自缢身死,几天之后,张家的一个仆人也继而自杀。
抄没后的财物110台被抬进宫门,其中包括御笔四纸,也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并役有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应,全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后,但是她并没有这样做,也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公,并允许长子袭爵。要是张居正还在,这种本朝未所有的殊荣旷典是决不可能被授予的,他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点,慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。
在抄家之后,有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地1000亩作为赡养,一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到了温和的申诫,刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。
事态既然发展到这一地步,万历已经无法后退。对这两年的一切措施,也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位,一则缺乏证据,二则对皇室也并无裨益,所以,在抄家4个月之后,即4年阳历9月,才正式宣布了总结性的罪状:“诬蔑亲藩,侵夺王坟府第,籍制言官,蔽塞朕聪,专权乱政”,本当剖棺戮尸,仅仅因为他多年效劳,姑且加恩宽免。他的弟弟和两个儿子被送到烟瘴地面充军。
元辅张居正死后被清算,大伴冯保被驱逐出京,皇帝至此已经实际掌握了政府的大权。但是不久以后,他就会发觉他摆脱了张、冯之后所得到的自主之权仍然受到种种约束,即使贵为天子,也不过是一种制度所需要产物。他逐渐明白,倒掉张居正,真正的受益者并不是他自己。在倒张的人物中可以分为两类。一类人物强硬而坚决,同时又顽固而拘泥。张居正的案件一经结束,他们立即把攻击的目标转向皇帝。在劝谏的名义下,他们批评皇帝奢侈懒惰,个人享乐至上,宠爱德妃郑氏而冷落恭妃王氏,如此等等。总而言之,他们要把他强迫纳入他们所设置的规范,而不让他的个性自由发展。另一类人物则干脆是为了争权夺利。他们利用道德上的辞藻作为装饰,声称只有他们才能具有如此的眼光及力量来暴露张冯集团的本质。而张冯被劾之后在朝廷上空出来的大批职务,他们就当仁不让,安排亲友。
现在到了7年,万历皇帝还只有24岁,但登上天子的宝座却已经15年了。对他来说,这15年似乎显得特别漫长,因为有许多重复的事件和不变的礼仪要他去应付,即使是一年以前,他的爱妃郑氏生下皇子常洵,也并不能给他多少安慰。接近他的人可以看出,皇帝陛下正在越来越感到生活的单调和疲劳。上一年,他主持殿试,试题的内容是“无为而治”,他对生活的厌倦已经越出了内心世界而要开始见诸行动了。
然而万历陛下的一朝,是本朝历时最长的一朝。此后还有很多的事情要在他当政的年代里发生,15个契机。这一年阳历7月,正当元辅张居正先生去世5周年,皇帝端坐深宫,往事又重新在心头涌现。他降谕工部,要工部如实查报,张居正在京内的住宅没收归官以后作何区处:是卖掉了,还是租给别人了如果租给别人,又是租给谁了工部的答复没有见于记录。大约史官认为记载了这道上谕,已经可以表明皇帝当时微妙复杂的思绪,至于房屋或卖或租,对国家大事则无关紧要,就不必琐碎饤饾地加以记录了。