1938年冬,赵希仲担任了皖南新四军军部教导总队训练部长、副总队长,新四军军部北移时任第一纵队参谋长。
从1941年1月7日“皖南事变”发生,到一周以后枪声平息。赵希仲在随队突围中被国军108师俘虏。国军发现他是新四军重要干部,除急电重庆国民政府军事委员会报功外,同时派出重兵将他押送到上官云相司令部。
随即,意志不坚定的赵希仲叛变,他供出了新四军在皖南的人数、武器装备、军事行动及新四军许多领导人的姓名、籍贯、年龄、学历和特征等大量情况,因而受到优待,成了第三战区的座上客。
1941年春,赵希仲与赵凌波一起,由国军用汽车送到江西上饶县上饶集中营七峰岩监狱。同年6月,赵希仲与赵凌波一道自动声明脱离中共,并办了书面的自新手续。
赵希仲叛变后,上饶集中营特务首脑张超委任他为集中营中校军事教官。主要从事对被俘人员的感化工作。
1942年4月,上饶集中营的“军官大队”、“特别训练班”奉命撤并,对外公开名称改为“战时青年训导东南分团”。5月,日军进攻浙赣线,逼向上饶。东南分团于6月5日从驻地周田村出发,往闽北转移。全体被囚人士,在荷枪实弹的宪兵押解下,冒着酷暑烈日,艰难地行进着。6月7日深夜,在石塘镇宿营时,赵乘众人熟睡之机偷逃出来。
赵希仲逃离“东南分团”后,开始到处流浪,当流浪到浙江金华时,因言语不同,形迹可疑,又无良民证,引起日本人的注意而被逮捕,交日本通讯队服苦役,后转送日军义乌工作班搞杂务,并帮助记伙食账和帮办文书,半年后获释。
1943年2月,赵希仲流落到义乌做小生意。同年6月,别人介绍他到杭州河坊街三友饼干店做摇面机工人,不久又被日本人抓去,并押在警备部,以“严重危害社会治安”被判处死刑。因证据不足没有批准执行,一直关押到日本无条件投降后的1946年初,以政治犯被释放出来,辗转回到长安县老家。到老家后,国民党“中统”把他当作是共产党打算逮捕他。赵闻风后逃到甘岷县,惨淡经营大地做小本买卖过日,直到当地解放,才返回老家。
1950年,赵希仲隐瞒叛变历史,由中共西安市委书记赵伯平介绍再次参加革命,由中共西北分局统战部送到陕西高陵县西北人民革命大学学习。1951年调到甘肃兰州西北新华公司任副经理。新华公司改为农具制造厂后,改任秘书科秘书。经过1956年肃反运动,赵希仲的叛党、叛变问题初步暴露,他被撤销职务,监督劳动。
1968年8月的一天深夜,赵希仲投黄河自杀身亡。