5月21日,唐生智所部第三十三团团长许克祥发动“马日事变”,唐生智公开表示拥共反蒋,电请武汉政府派员查明处理,并自请处分。5月24日唐生智自驻马店电湖南省政府,指示缓和农工军人冲突办法。6月4日击败了向武汉进袭的夏斗寅、杨森,6月5日唐生智派周斓到长沙代理省府主席,许克祥走湘潭,旋率部赴零陵,入粤北连县。6月11日唐生智、张发奎部均由河南撤回武汉。6月13日,武汉中政会命唐生智全权处理湖南事件,15日唐生智被武汉国民政府任为第四集团军总司令,辖第一方面军(唐生智兼总指挥)、第二方面军(总指挥张发奎)。6月20日唐生智在汉口演说,指长沙马日事变之不当,必须讨伐蒋介石,25日唐生智自武汉回长沙,26日下令停止湖南党部及各种民众团体反共活动,查惩“马日事变”首要以肃军纪,许克祥记过一次。6月30日唐生智在长沙改组省政府、省党部,排斥反共救党派,并抑制共产党活动,暗示共产党人退出武汉政府和国民党中央。7月3日武汉第四军、第十一军、第二十军、第三十五军向下游移动,准备东征,6日唐生智从长沙回到武汉,此时武汉政府所辖军队达十四个军之多,为唐生智军事最强盛时期,但他得势后专横跋扈,程潜、朱培德先后又倒向桂系把持的南京政府。
1927年7月15日,武汉政权汪精卫叛变革命,程潜、张发奎、朱培德、贺龙军分向湖口、九江、南昌集中,准备分路攻安徽浙江,南京方面之第二十七军王普等部亦开往安庆,第二十六军周凤岐,第三十一军郑绍虔部进向浙西。16日冯玉祥电唐生智化除意见,集中力量先灭奉鲁势力,武汉东征军事仍未停,以“反共倒蒋”为口号,23日冯玉祥再电劝唐生智全力北伐。8月6日,唐生智、程潜、朱培德等电何应钦、李济深等,请合力讨蒋。8月8日,唐生智以第四集团军总司令名义通电讨蒋,谓其“纵容共党、跋扈专横、自立政府、擅开会议、压迫武汉”,令第四集团军夹长江东进,第八军和第三十六军沿长江南岸,三十五军和第一师沿长江北岸,进至芜湖、合肥、蚌埠一线,并约同孙传芳北洋军共同进攻。8月12日,前第九军军长彭汉章(黔军袁祖铭旧部)在汉口被唐生智枪毙。8月13日蒋介石下野,武汉失去东征借口,15日武汉政府决迁南京,汪兆铭、唐生智等到九江,电邀南京何应钦等前往会商,并电孙传芳,所部即由九江东进,会师南京,李宗仁、何应钦联名请武汉方面中止东下,20日唐生智等武汉要人自汉口到九江,与南京代表胡宗铎会商,22日宁汉首脑在庐山会商,唐生智声言即进兵芜湖,李宗仁力持不可,最后决定唐部暂停东进。9月1日许克祥军因唐生智军攻击,退出永州。9月6日唐生智部江右军刘兴率第三十六军入芜湖,南京第三十七军陈调元部东退,8日唐生智在安庆演说,痛诋蒋介石,否认宁汉合作,11日唐生智到芜湖,白崇禧等邀其来南京,唐不允,13日回汉口,并将“决川”、“浚蜀”两舰带去,汪精卫也因不满权利分配回到武汉,15日唐生智在汉口通电调停冯玉祥、靳云鹗之战(注8)。9月15日,南京举行中央执监委员临时联席会议,选唐生智等为国民党特别委员会委员,17日被选为国民政府委员、军事委员会主席团成员,22日武汉政治分会成立,唐生智为常任委员,唐表示如南京对彼不满即武力周旋,23日江右军刘兴部进驻东西梁山。